Newton s'est beaucoup intéressé à l'alchimie, comme en témoignent de nombreux manuscrits, conservés pendant deux siècles et demi dans une malle et achetés en partie, lors d'une vente aux enchères en 1936, par l'économiste John Maynard Keynes. Leur étude attentive n'a été cependant développée que depuis une vingtaine d'années, notamment grâce aux travaux de R.S. Westfall (la Force dans la physique newtonienne, 1971) et de Betty Jo T. Dobbs (les Fondements de l'alchimie de Newton, 1975).
D'un tempérament plutôt mystique, Newton a laissé des milliers de pages sur des questions bibliques où l'on trouve entre autres une argumentation contre la doctrine de Saint Trinité, des réflexions sur les Prophéties et des travaux sur l'interprétation de l'Apocalypse. Il cherchait la confirmation littérale dans la Bible de datations astronomiques et pensait que le monde avait été créé recemment, probablement pas avant l'an 4004 avant J-C, date qu'avait fixé l'archevêque Usher d'après l'Ancien Testament.

En dehors de ces travaux alchimiques, Newton, cherchant à constituer un langage universel, a également porté une très grande attention aux recherches théologiques (il se montre, dans ses carnets, proche de l'hérésie arienne, qui refusait le dogme de la Trinité) et à l'étude des prophéties. Il a rédigé, notamment: Observations Upon the Prophecies of Daniel and the Apocalypse of St. John, un traité publié en 1733. Son analyse des textes bibliques et grecs le conduisait à penser que la science qu'il élaborait n'était qu'une redécouverte des intuitions, voire des «secrets» des Anciens. A travers ces écrits se dessine une figure plus complexe que celle que la seule lecture des grands textes pourrait suggérer, celle, selon les mots mêmes de Keynes, du «dernier des magiciens», du dernier esprit à avoir contemplé le monde visible avec les yeux des Babyloniens et des Sumériens.